シベリアアオジは日本では主にまれな旅鳥として本州などで記録される鳥です。雄の灰色がかった頭と黒い顔、黄緑色を帯びた体の下側が目印ですが、雌や若鳥はアオジ（Emberiza personata）との識別が難しいです。
成鳥雄はシベリアアオジの灰色の頭と黒い顔で見分けやすいです。雌と若鳥は難しく、アオジのほうが体の下側の黄色が明るく、胸や脇の縦の模様が太くぼやける傾向があります。
間違えやすい理由 · 以前は同じ種の亜種とされ、日本で分布が重なることがあります。